Hola.
Siempre estamos en el supuesto de que no hemos aplicado material a las piezas sino que queremos colorear caras.
Si el corte lo haces con ese icono SolidWorks corta todas las piezas (a veces es interesante dejar algunas sin cortar, las normas dicen que no se deben cortar los ejes o los tornillos por ejemplo) y ademas las caras que aparecen en la sección no son reconocidas como caras y por lo tanto no se pueden colorear.
Otro sistema de cortar el ensamblaje (hay un tema donde se explica mejor pero ahora no lo encuentro) es hacer croquis en el plano planta (por ejemplo) y dibujar un rectángulo que cubra la parte que queremos cortar, salimos del croquis y hacemos un corte por todo.
Ahora si te dejará colorear todas las caras que te aparecen.
Saludos.
PD. Buscaré con mas calma donde se explica como hacer el corte y como se consigue que alguna pieza no se corte.