Creo que tu problema tiene una fácil solución, pero antes quiero explicarte algo para que sepas "por que" pasa o puede pasar esto. Cuando haces un trabajo en Inventor, primero creas un proyecto. El crear un proyecto es decirle al Programa donde ha de buscar los distintos elementos, bueno, le dice en que carpeta (y subcarpetas dentro de esta) tiene que buscar los distintos elementos. También y por configuración general, guarda la ruta de las bibliotecas y Centro de Contenido. Cuando cambias de versión de programa, puede que alguna de las rutas las cambies (las generales) o puede que la "filosofía" de trabajo de esa nueva versión pueda ser un poco distinta y por ello no reconoce los trabajos antiguos y si los nuevos. Como no sabes o no sabemos que es lo que cambia, la solución es bien sencilla: busca en el navegador de Windows la carpeta con la que quieres trabajar y dentro de ella el fichero ipj (el del proyecto) y lo borras. Si no te deja es porque lo tendrás en uso en Inventor, así que abre Inventor y cámbiate de proyecto y luego lo borras en el explorador. Cuando lo hayas hecho, lo vuelves a crear y ya tienes el Centro de Contenido accesible.
Otra cosa, no lo has comentado, pero puede que te suceda. Salvo que siempre que instales una nueva versión, cambies la ruta donde guarda los elementos creados con el Centro de Contenido, al intentar abrir un conjunto hecho con una versión anterior, no te encontrará los tornillos, rodamientos, tuercas, chavetas, etc que hayas utilizado antes en ese montaje. ¿Por qué?, porque si te fijas la ruta apunta a una carpeta que no es la que tu tienes configurada. Solución, o le cambias la ruta donde guarda los elementos del Centro de Contenido, o mueves todos los elementos a la nueva ruta. Esta Ruta esta en tu usuario de Windows,\Documents\Inventor\Content Center Files\R2013, donde este último dato es la versión que tienes instalada. Ojo, si has tenido la 2008, 2009, 2010, 2011 y 2012, te aparecerán tantas carpetas como versiones hayas tenido instaladas (precedidas con la R delante) y dentro de ellas seguramente elementos usados. Muevelos todos a la carpeta mas reciente y no cambies la configuración de Inventor, potque cuando necesite algún elemento, lo buscará allí. SI los mueves y te dice que ya existe, quédate con el mas reciente.