Ese es un problema inherente a las conversiones a malla de conjuntos.
Cuando exportas a stl un conjunto siempre lo definirá como un solo objeto. En el programa de destino edita ese "objeto" para separar la malla en distintos componentes. Como stl no admite información sobre material o atributos particulares, el método más efectivo suele ser separar por elemento.
Un problema que suelen generar estas exportaciones es que si coinciden en el espacio 2 vertices,aunque pertenezcan en origen a 2 objetos distintos, el fichero intrepreta que se trata de un error, una especie de duplicación de geometría y "suelda" un objeto con el otro. La única solución, que yo sepa, es editar dicha malla y separar "a mano.
Otra opción es exportar cada sólido por separado y volver a ensamblar en el programa de destino. Si vas a realizar una presentación cinetica o un estudio de simulación de fluidos, tendrás que redefinir las relaciones o constricciones, por lo que si no tienes las originales del CAD, tampoco pierdes mucho.
Un saludo.