Efectivamente, no existe ningún problema, pero como siempre, hay que tener una serie de "precauciones".
Que yo conozca, Inventor es uno de los pocos programas que tiene una forma un tanto peculiar de trabajar, me refiero a la creación de proyectos. Los proyectos son como por así decirlo, el índice de un trabajo. En el se almacenan las rutas de los archivos, las bibliotecas que usamos y las configuraciones con las que trabajamos. Si tu creas un proyecto por cada trabajo (es igual que guardes por clientes, que por tipo de trabajo), nunca se mezclan las piezas, ni tendrás problemas para abrir un trabajo u otro. Eso si, cuando quieras abrir un trabajo determinado, te recomiendo que actives el proyecto antes de hacerlo, aunque puedes abrirlo desde el explorador, pero corres el riesgo de que alguna pieza no sea la correcta o de que no la encuentre.
En mi lugar de trabajo así lo hacemos (y en mi anterior trabajo también) y no tenemos ningún problema hasta la fecha y mira que llevo años trabajando con Inventor. Es mas, en este equipo lo tengo estructurado de la misma manera, tengo una carpeta de dibujos y dentro de ella tengo entre otros "clientes" a RinCAD ( 
). Dentro de esta tengo trabajos propuestos por varios usuarios, pero clasificados en carpetas con el nombre del usuario. Y a su vez dentro de ellas, carpetas con los trabajos propuestos para no mezclarlos.
Podría tener un proyecto por cada trabajo que he realizado y este proyecto estaría en la carpeta correspondiente, para que cuando abro el conjunto, me busque todas las piezas en esa carpeta y todas las subcarpetas que tengo dentro de ella. Pero nunca me buscará por encima de ese nivel, porque así lo indica internamente el fichero ipj que esta dentro de esa carpeta. Podría hacer que buscase por encima, indicándolo en una ruta de biblioteca, ruta que solo será de lectura, no pudiendo modificar esos archivos, ya que perteneces a otro proyecto y tendría que ir a ese proyecto para modificarlos.
Y he dicho "podría", porque al ser trabajos sencillos no me ha parecido correcto llenar de proyectos mi equipo. Tengo un proyecto llamado "RinCAD" y desde ahí abro cualquier trabajo de este Foro. En mi trabajo no es así, tengo que buscar el proyecto para poder trabajar con el, así me aseguro de que busca o usa las piezas necesarias.
Bueno, resumiendo este rollo que os he soltado, creando proyectos no tienes ningún problema. De no hacerlo corres el riesgo de que existan dos piezas con e mismo nombre en dos carpetas distintas (por ejemplo "placa base") y a la hora de abrir el conjunto que contiene esa pieza, siempre abrirá la primera "placa base" que encuentre, independientemente de si es la necesaria o no.
Perdón por la chapa, espero que se haya entendido.
