Si tu pieza era una placa rectangular y la editas para convertirla en una pieza hexagonal, evidentemente que las cotas no serán las mismas en el plano y por ello te saldrán de color rojo. Pero esto te pasa en ZW3d, en Inventor y en muchos otros programas. Es mas, si tienes esa pieza rectangular y le haces una extrusión en una de sus caras, para quitarle medida, la cota en el plano seguro que te sale de color rojo.
Los programas de CAD, se apoyan en caras o puntos para acotar la geometría. Si esta geometría se modifica, las cotas pierden su referencia.
No obstante a mi con ZW3D me ha pasado alguna vez, pero no siempre y generalmente me han salido las cotas rojas, cuando he variado la geometría a la que estaban asociados los puntos. Piensa que toda la información que vemos en el 3D, se almacena en una Base de Datos de la pieza y si un vértice se llamaba V325, si cambiamos una de sus caras por una operación, automáticamente cambia de nombre, porque se ha de guardar la información de ese elemento, por si decidimos volver para atrás.
Hombre, si cambias un chaflán y se pone roja la longitud total, que no esta en el lado del chaflán, pues entonces algo no esta funcionando como debería de ser.
¿Puedes poner alguna i8magen de tu problema?