Ahora quiero guardar como, por ejemplo, Pieza B, pero no quiero que guarde ninguna referencia a Pieza A, ya que cuando inserto la pieza en un ensamble, en el árbol de piezas insertadas aparece como Pieza A, cuando en realidad se trata de la Pieza B.
No sé si lo habré entendido bien....
Ten en cuenta que lo archivos .Z3 son multiobjeto y por lo tanto, el archivo puede contener varias cosas.
Si haces un "guardar como" creas un nuevo archivo con distinto nombre y la misma pieza dentro. Si ademas quieres renombrar la pieza, tienes que hacerlo en el gestor raíz haciendo "dos clicks" al igual que lo harías en windows (no confundir con "doble-clic").