Hola Aer, tu ya lo has dicho todo: Acrobat Profesional. Tiene una herramienta de medición que te deja tomar la distancia entre puntos. Esta puede ser alineada u ortogonal y si el dibujo no está a escala, tu puedes ponérsela y el te da la equivalencia.
Pero otra solución esta en un programa para convertir los pdf en dxf. Yo lo he probado y convierte muy bien, excepto los textos, que los hace a puntos. Hay una versión "demo" para 15 usos, creo, después le añade un texto. Este programa se llama "Aide PDF to DXF Converter" y lo puedes descargar de AQUí, siempre te saldrá mas barato que comprar el Acrobat Profesional. Además, tienes mas posibilidades que con este último, ya que los círculos no puedes acotar y con el convertido en dxf, dibujas un círculo por 3 puntos y tomas la medida.
Ahora voy a salir, luego pongo el enlace del programa en la zona de programas interesantes.