Hombre, echaba de menos tus "preguntas" 
Te voy a decir lo que yo entiendo.
Cuando usas el generador de engranajes e introduces todos los datos para DOS engranajes, lo que pretendes es un cálculo de algún dato de los engranajes, bien sea la durabilidad, el esfuerzo, la distancia entre dos engranajes, etc, etc. Solo es una REPRESENTACIÓN de dos piezas que NO vas a construir, que solo las usas para obtener los cálculos. Si quieres construir el engranaje real, has de exportar el dentado por separado y entonces si que se define correctamente el dentado, con su corrección (si la sabes aplicar), con sus radios y demás. ¿Y por que no genera el dentado bien y luego hacemos lo que nos de la gana con el?, pues me imagino que por una explicación similar a la de por que no dibuja las roscas 3D como son, por no cargar de información el diseño y poder manejar agilmente el conjunto.
Tu mismo nos has puesto unas imágenes de los dentados en las dos posibilidades y si te fijas, el real tiene muchos tramos de curvas y rectas, que multiplicado por el número de dientes de ambos engranajes, pues como que salen demasiadas entidades que ha de calcular constantemente mientras giras o mueves las piezas.
Considera (en tu primera imagen), la vista de la izquierda como una representación simplificada del dentado y la de la derecha como una representación real.
En mi enfoque a este "problema", que puede que no sea el correcto.
Y te aseguro que si haces una caja de un reductor con los engranajes reales, tendrás problemas para mover el 3D. El motor gráfico de Inventor se carga con gran facilidad y sobre todo con el abuso de mucha geometría, te lo puedo asegurar porque lo he sufrido en mis carnes.
