No te vuelvas loco, NO se puede hacer.
Yo también trabajo parecido a ti y desde las primeras versiones con las que trabajé, descubrí que lo que pretendes hacer, no era factible. Es mas, en los Foros de Autodesk, se ha discutido mucho sobre este tema y siempre se ha comentado lo mismo, no es posible. Si mal no recuerdo, hay alguna rutina de iLogic que hacía algo parecido o querían hacerlo.
Inventor por cada plano de conjunto que hagas, te asigna una marca a cada elemento. Si un elemento se repite en 2 conjuntos, te asigna distinta marca y por mucho que las cambies, no se repiten, salvo que sea casualidad. Para Inventor la marca es "temporal" e insignificante y en parte tiene razón para hacerlo, eso ya lo he discutido muchas veces con mis compañeros de la oficina. ¿Por qué tiene razón?, pues piensa en los elementos comerciales, no en las piezas que tu dibujas. Un cilindro neumático, por ejemplo, usas ese elemento 5 veces en la máquina, en 5 partes diferentes. ¿Han de tener la misma marca?, pues teóricamente (y es lo que a nosotros nos pasa), no, pertenecen a conjuntos diferentes y es mejor identificarlos por separado. Imagina que tienes que repetir un conjunto por que lo necesita el cliente y ese conjunto solo tiene un cilindro, pero tu vas a listado y ves 5 unidades. Algo no cuadra.
¿Como trabajo yo?, muy sencillo: cada máquina es un conjunto principal y cada subconjunto empieza en una numeración peculiar. Por ejemplo, el conjunto es la marca 0001 y los subconjuntos el 0100, 0200, 0300, 0400 y 0500. Cada pieza de los subconjuntos empieza en el 0101, 0102, 0103 (los otros igual, 0201, 0301, 0401, 0501, ...) y los comerciales los numeramos a partir del 50 (un conjunto con mas de 50 piezas lo consideramos excesivo y procuramos no hacerlos), por ejemplo en el primero, 0150, 0151, ..
Nosotros hacemos los planos de TODAS las piezas, sean chapas o arandelas, sean 5 planos o 500 y NUNCA metemos en un mismo plano mas de una pieza. ¿Por qué?, porque nuestro plano tiene el número de al pieza dentro de su nombre, con la revisión (no usamos Vault) y así podemos localizar la pieza con facilidad si la necesitamos imprimir o modificar. De esta manera solo tenemos un plano de conjunto de una parte, donde no tendremos problemas con los globos.
¿Pero si hay una misma pieza en dos conjuntos o tres?, para nosotros no es la misma pieza, porque pertenecen a distintos conjuntos.
¿Pero entonces tendrás el plano dos o tres veces?, si pero preferimos eso a que si el día de mañana queremos aprovechar ese conjunto o parte de el para otro trabajo, SIEMPRE tendremos las cantidades necesarias y no las de toda la máquina. "Jo, que rollo", eso pensé yo el primer día y hoy reconozco que es un método bastante eficaz.
Resumiendo, numera lo que numeres, que por mucho que le pongas un número a una pieza en un conjunto, si en otro esta esa pieza, Inventor hace lo que quiere. Siempre te queda el recurso de hacerlo a mano, pero no te lo aconsejo, porque como numeres alguna mal, la puedes liar.
Y ya te digo que esto no solo te pasa a ti, le pasa a muchos y muchos se han quejado, pero hasta ahora Autodesk no ha contemplado cambiar esa posibilidad, que yo sepa o recuerde.