Puede que no tengas alguna capa con el color negro, porque Inventor trabaja por capas.
Si seleccionas una cota (1) y vas a la pestaña "Anotar", a la parte derecha verás una zona llamada "Formato". Fíjate en la opción capa (2) que nombre pone y verás el color. Luego con el icono "Editar capas" (3), se despliega el cuadro del "Editor de estilos" (4) y allí podrás cambiar el color, si no lo tiene como negro.
Otra opción es que al imprimir, selecciones que te lo imprima "Todos los colores como negro" ...
... pero cuando quieras imprimir en color, no te servirá de nada.
De momento no se me ocurre otra posible causa o solución.
No estoy seguro de si compartiendo un plano vacío, se puede ver los colores y demás que usas, para ver si hay otro problema.