Inventor en algunos aspectos se puede parecer a Autocad, como por ejemplo en la creación de varios estilos de acotación.
Cuando acotamos en un 2D de Inventor, se usa un estilo de acotación estándar y si modificamos un parámetro de una cota, repercute en todas las de ese plano, tal y como te ha sucedido. Pero esto no te impide que crees otro estilo de acotación basándote en el estándar y modificándole lo que quieras, en este caso acotación dual.
Luego acotas tu pieza y cuando termines o en cualquier momento, seleccionas una cota y la cambias de estilo, para que aparezca lo que deseas.
¿Cómo creo un estilo nuevo?
Estando en el 2D, te vas a Administrar/Estilos y normas/Editor de estilos y en el cuadro que te sale, en la parte de la izquierda buscas el apartado "Cota". Lo despliegas y te colocas encima del estilo que tengas por defecto y en la parte derecha tendrás un botón que pone "Nuevo". Cuando le des a este botón te sale un cuadro para que le pongas el nombre, por ejemplo "Dual", volviendo al cuadro anterior. Ahora cambia lo que necesites y cierra el cuadro dándole a "Terminar" y aceptando todos los cambios.
¿Cómo cambio la cota?
Una vez realizado el paso anterior, acota lo que necesites y selecciona la cota a cambiar (pueden ser varias) y vas a la pestaña "Anotar", apartado "Formato" donde a través de una lista desplegable en la segunda opción, podrás localizar el estilo de cota que has creado. Al seleccionarlo, las propiedades de la cota cambiarán conforme tu las hayas definido.
Si no seleccionas por lo menos UNA cota, este cuadro estará desactivado.
Y un último punto, si quieres esto en tus futuros planos, has de modificar el archivo plantilla de Inventor para poder usarlo a posterioridad.
PD: Se me olvida comentar que las explicaciones que he dado solo sirven para versiones superiores a la 2010, para las inferiores es similar, pero las localizaciones de los comandos cambian y no recuerdo el proceso, hace muchos años que dejé de usar esas versiones.