Terrapigui, permiteme que me ria, pero lo que buscas es mas fácil que eso. Pero antes una pregunta, si consigues hacer funcionar tu método, ¿que pasa cuando te des cuenta que en la pieza A esta mal un agujero y lo cambias?. Pues que como no te acuerdes en la pieza B seguirá estando mal.
Ahora a explicarte lo que necesitas, se llama "Adaptatividad", yo particularmente la uso a medias, porque ya hace años me dio algunos disgustos y procuro eliminarla una vez hecha la operación. Te explico, imagínate que tienes un conjunto que has montado con tu santa paciencia y que una vez que es lo que tu querías hacer, ahora decides hacer los agujeros de unión. En este conjunto tenemos la pieza A y la pieza B. Ahora, sin salir del conjunto (puedes salir si quieres, pero no hace falta) y asegurándote que no tienes abierta ninguna de las dos piezas en las que vas ha hacer los agujeros, le das dos veces con el botón izquierdo encima de la pieza A. Pasas al modo edición de dicha pieza, pero con el resto de piezas en pantalla y transparentes o difuminadas. Haz los agujeros que crees conveniente (ya te digo que en la primera los puedes hacer fuera) y cuando termines, hay un icono a la derecha que pone "Volver" (o por lo menos en las últimas versiones así lo pone, antes ponía "Atrás"). Le das y sales de nuevo al conjunto, ahora le das dos veces al clic izquierdo sobre la pieza B. Haces un boceto en la cara donde van a ir los agujeros que amarran con la otra y eliges "Proyectar Geometría". Seleccionas los bordes de los agujeros de la pieza A "que esta atenuada" y cuando termines, le añades los puntos de agujero. Terminas el boceto y haces los agujeros. Ahora le das a "Volver" y ya tienes los agujeros coincidentes unos con otros y si te das cuenta en el árbol de operaciones, a la izquierda de la pieza te ha salido un icono que te indica que la pieza es "Adaptativa". Puedes quitárselo dándole al botón derecho sobre la pieza y desmarcando la adptatividad (que es lo que yo suelo hacer), pero no te voy a dejar que lo hagas hasta que veas si te falla o no.
¿Para que sirve esta "Adaptatividad"?, pues muy simple, abre la pieza A, cambia una cota de un agujero, guárdala y vuelve al conjunto. Parece que no ha hecho nada y encima ves que no te coincide el agujero, pero vete arriba y actualiza el conjunto y verás como se mueve el agujero.
Yo quito la "adaptatividad", porque si referencias los agujeros des los extremos de la pieza y modificas las dimensiones porque la pieza se te ha quedado pequeña, pues se mueven los agujeros en las dos y si no te das cuenta puedes hacer una "avería" como las que a mi me han pasado. Yo prefiero tener el control sobre los agujeros, porque en definitiva son los de amarre y casi los mas importantes.
A ver si esto te resuelve tus problemas y te convence. Yo siempre proyecto los agujeros, coloco los puntos de agujero, borro las proyecciones y acoto los agujeros, así yo soy el que mando en el agujero
Bueno y después del rollo, tal vez tengas que tomarte unas aspirinas