Hola!
Las relaciones en contexto las considero útiles en ensamblajes de pocas piezas, donde no suelen penalizar en rendimiento. hay que tener en cuenta que cuando por ejemplo hacemos un operación vinculada en contexto con otra pieza del ensamblaje, (Extruir ->), esta operación no se reconstruye hasta que se soluciona la pieza donde hemos realizado la vinculación. Y cuantas más vinculaciones más tiempo de recálculo.
Si creo haberte entendido bien, te gustaría crear piezas en un ensamblaje y modificar las piezas sin que afecten los cambios a las relaciones de posición, no?
Lo primero siempre al crear las piezas es seleccionar correctamente el origen, ya que de este dependerá la posición de los planos "alzado, planta y perfil". Estos planos son muy importantes por que nos servirán para realizar relaciones "estables entre las piezas", ya que son lás únicas cosas que permanecerán aunque modifiquemos las geometrías. Por ello crearía relaciones en los planos de referencia en las piezas claves (Esas que tu piensas que vas ha modificar)
Como norma de rendimiento, nunca debemos sobrepasar el umbral de las 60 piezas o sólidos en un ensamblaje, si llegamos a ese limite generaremos un subensamblaje.
También valorar que es lo que vamos a hacer:
-Ensamblajes pequeños y sencillos, esta todo permitido ya que a menos que realices matriz de matrices no hay problema.
-En ensamblajes ya de más componentes, intentar realizar subensamblajes.
-En grandes ensamblajes, hay que pararse un rato y pensar como vamos a realizarlo, las relaciones a cosas estables "Alzado, planta y perfil", realizarse un croquis en el ensamblaje que controle planos para posicionar piezas puede ser una gran ayuda. No sobrepasar los umbrales de 60 piezas en subensamblajes,
Luego hay otras formas de mejorar el rendimiento de grandes ensamblajes, yo tengo uno generado de 400 componentes sin "ninguna relación de posición" 
Un saludo.